Los dos militares estaban decididos a dejar bien atrás el pasado de colonia española de Perú, que a mediados de 1822 todavía seguían teniendo algo de poder en ese territorio. Sin embargo, tenían diferencias políticas. José de San Martín era partidario de una monarquía constitucional y consideraba que el destino de cada nación debía quedar en manos de su pueblo, mientras que Simón Bolivar quería definir la forma de gobierno como una república democrática y tener una inherencia fuerte en la construcción de estos nuevos países, ya que lo preocupaba la posibilidad de una anarquía.

Desde Buenos Aires, el presidente Bernardino Rivadavia consideraba que la etapa de la campaña libertadora había finalizado y por eso le retiró el apoyo económico a San Martín, a quien siempre había considerado un enemigo. Rivadavia lo había acusado de traidor cuando se negó a que su ejército libertador reprimiera a los federales en el litoral del Río de la Plata.

Fue así como, tras dos días de reunión, San Martín le entregó su ejército a Bolivar y renunció a todos sus cargos. El militar más astuto y exitoso de nuestra Patria se retiraba del campo de operaciones. Al regresar a Lima renunció también a su cargo de Protector del Perú. «Mis promesas para con los pueblos en que he hecho la guerra están cumplidas: hacer su independencia y dejar a su voluntad la elección de sus gobiernos; por otra parte, ya estoy aburrido de oír decir que quiero hacerme soberano. Sin embargo siempre estaré pronto a hacer el último sacrificio por la libertad del país, pero en clase de simple particular y no más”, declaró en su carta de renuncia.

El 10 de febrero de 1824 se fue exiliado a Europa junto con su hija, Mercedes. Aunque intentó volver a servir a la Patria, nunca más pisaría el suelo argentino.